Projektnummer: 18.00.13.10.01

Molekulare mikrobielle Ökologie in landwirtschaftlichen Systemen

In diesem Projekt entwickeln die Forschenden neue Methoden und wenden sie auch an, um Mikroorganismen und deren Populationen nachzuweisen und zu beschreiben. Diese Methoden sind zentral, um die zahlreichen Funktionen von Mikroorganismen in landwirtschaftlichen Systemen zu untersuchen und zu verstehen, wie sich die landwirtschaftlichen Praktiken und Massnahmen auf die Mikroorganismen auswirken.

Die Erkenntnisse aus dem Forschungsprojekt können dafür eingesetzt werden, die natürlichen Ressourcen schonend zu nutzen und zu schützen. Zudem liefern sie wertvolles Wissen über das Zusammenspiel von Mikro- und Wirtsorganismen, damit positive Eigenschaften von Mikroorganismen gezielt in landwirtschaftlichen Systemen genutzt oder negative Eigenschaften bekämpft werden können.

Enkerli J.
Microsatellite-marker based genotyping of two Metarhizium isolates KV950 (E9) und KV1073 (EAMa 01/58-Su).

Gschwend F., Hartmann M., Hug A.-S., Enkerli J., Gubler A., Frey B., Meuli R. G., Widmer F.
Long-term stability of soil bacterial and fungal community structures revealed in their abundant and rare fractions.
Molecular Ecology, 30, (17), 2021, 4305-4320.

Zottele M., Mayerhofer J., Embleton H., Wechselberger K., Enkerli J., Strasser H.
Biological diabrotica management and monitoring of Metarhizium diversity in Austrian maize fields following mass application of the entomopathogen Metarhizium brunneum.
Applied Sciences, 11, (20), 2021, 1-13.

Pedrazzini C. L., Strasser H., Holderegger R., Widmer F., Enkerli J.
Development of a SNP-based tool for the identification and discrimination of Melolontha melolontha and Melolontha hippocastani.
Bulletin of Entomological Research, 111, 2021, 511-516.

Fernandez Bravo M. d. C., Gschwend F., Mayerhofer J., Hug A.-S., Widmer F., Enkerli J.
Land-use type drives soil population structures of the entomopathogenic fungal genus Metarhizium.
Microorganisms, 9, (7), 2021, 1-19.

Mayerhofer J., Wächter D., Calanca P., Kohli L., Roth T., Meuli R. G., Widmer F.
Environmental and Anthropogenic Factors Shape Major Bacterial Community Types Across the Complex Mountain Landscape of Switzerland.
Frontiers in Microbiology, 12, (11 March), 2021, 1-17.

Eraslan S., Enkerli J., Strasser H.
Populationsgenetische Untersuchung von Metarhizium spp. in drei ausgewählten Agroökosystemen in Tirol.
In: Österreichische Pflanzenschutztagung. 25.11.2020, Hrsg. Österreichische Arbeitsgemeinschaft für integrierten Pflanzenschutz, Rust, Österreich. 2020, 15.

Gschwend F., Aregger K., Gramlich A., Walter T., Widmer F.
Periodic waterlogging shapes agricultural soil microbiomes by promoting specific taxa.
Applied Soil Ecology, 155, 2020.

Barzanti G. P., Enkerli J., Benvenuti C., Marianelli L., Paoli F., Sabbatini Peverieri G., Mazza G., Bosio G., Venanzio D., Giacometto E., Roversi P. F.
Preliminary analysis of genetic variability of Metarhizium isolates from Parco del Ticino (Northern Italy).
IOBC-WPRS Bulletin, 150, 2020, 6-8.

Mayerhofer J., Enkerli J., Widmer F.
Small bias of one highly dominant taxon on community analyses using amplicon sequencing.
Journal of Microbiological Methods, 178, 2020.

Widmer F., Mayerhofer J., Gschwend F., Fernandez Bravo M. d. C., Enkerli J.
Der verborgenen Biodiversität im Boden auf der Spur.
Hotspot, 42, 2020, 26-27.

Zottele M., Gruber A., Enkerli J., Strasser H.
Influence of inundative mass application of Metarhizium brunneum BIPESCO 5 on indigenous Metarhizium strains in maize fields.
IOBC-WPRS Bulletin, 150, 2020, 63-66.

Strasser H., Mayerhofer J., Zottele M., Enkerli J.
Metarhizium is the message - new IPM strategy to control larvae and adults of Diabrotica v. virgifera.
IOBC-WPRS Bulletin, 150, 2020, 48-52.

Wenger A., Schmidt R., Portmann R., Roetschi A., Eugster E., Weisskopf L., Irmler S.
Identification of a species-specific aminotransferase in Pediococcus acidilactici capable of forming α-aminobutyrate.
AMB Express, 10, 2020, 1-9.

Jud Khan C.
Plastik: Fluch und Segen zugleich: Editorial.
Agrarforschung Schweiz, 10, (11-12), 2019, 415.
weitere Sprachen: französisch

Somerville V., Lutz S., Schmid M., Frei D., Moser A., Irmler S., Frey J. E., Ahrens C.
Long-read based de novo assembly of low-complexity metagenome samples results in finished genomes and reveals insights into strain diversity and an active phage system.
BMC Microbiology, 19, (1), 2019, 1-18.

Fuchsmann P., Tena Stern M.
Une technique d’extraction des composés volatils - Nouvelle méthode rapide et économique.
ChemiExtra, 9, 2019, 26-28.

Meola M., Riffa E., Shani N., Delbès C., Berthoud-dit-Gallon Marchand H., Chassard C.
DAIRYdb: a manually curated reference database for improved taxonomy annotation of 16S rRNA gene sequences from dairy products.
BMC Genomics, 20, (560), 2019, 1-576.

Mayerhofer J., Lutz A., Dennert F., Rehner S.A., Kepler R.M, Widmer F., Enkerli J.
A species-specific multiplexed PCR amplicon assay for distinguishing between Metarhizium anisopliae, M. brunneum, M. pingshaense and M. robertsii.
Fungal Ecology, 161, 2019, 23-28.

Mayerhofer J., Rauch H., Hartmann M., Widmer F., Gschwend F., Strasser H., Leuchtmann A., Enkerli J.
Response of soil microbial communities to the application of a formulated Metarhizium brunneum biocontrol strain.
Biocontrol Science and Technology, online, (13 January), 2019.

Ahrens C., Frey J. E., Irmler S., Kölliker R., Pelludat C., Weisskopf L., Widmer F.
Schlussbericht Agroscope Forschungsprogramm Mikrobielle BioDiversität.
Agroscope, Bern. Januar, 2018, 50 S.

Bengtsson-Palme J., Richardson R.T., Meola M., Wurzbacher C., Tremblay É.D., Thorell K., Kanger K., Eriksson K.M., Bilodeau G.J., Johnson R.M., Hartmann M., Nilsson R.H.
Metaxa2 Database Builder: Enabling taxonomic identification from metagenomic or metabarcoding data using any genetic marker.
Bioinformatics, 2018, 1-7.

Ahrens C., Frey J. E., Irmler S., Kölliker R., Pelludat C., Weisskopf L., Widmer F.
Agroscope Research Program Microbial BioDiversity: Final Meeting.
Agroscope Science, 65, 2018.

Mayerhofer J., Eckard S., Hartmann M., Grabenweger G., Widmer F., Leuchtmann A., Enkerli J.
Assessing effects of the entomopathogenic fungus Metarhizium brunneum on soil microbial communities in Agriotes spp. biological pest control.
FEMS Microbiology Ecology, 93, 2017, 1-15.