Das Bundesamt für Landwirtschaft und Agroscope führen als Vollzugsauftrag gemeinsam ein Agrarumweltmonitoring durch. Im Projekt Monitoring des Agrarumweltsystems Schweiz (MAUS) werden verschiedene Indikatoren (z.B. Treibhausgasemissionen, Pflanzenschutzmittelrisiken) für Regionen und Produktionssysteme berechnet. In MAUS werden viele verschiedene Datenquellen zur landwirtschaftlichen Struktur und Bewirtschaftung miteinander verknüpft sowie eigene Datenerhebungen durchgeführt. Das MAUS dient als wichtige Grundlage für die Prüfung der agrarpolitischen Zielerreichung und kann Empfehlungen für agrarpolitische Massnahmen geben. Des Weiteren sind die MAUS-Daten eine wichtige Basis für zahlreiche andere Projekte innerhalb und ausserhalb von Agroscope.
Ebenfalls Teil dieses Arbeitsprogramm-Projekts ist die jährliche Berechnung der nationalen Stickstoff- und Phosphorbilanz nach der OSPAR-Methode. Mit dieser wird überprüft, ob die Ziele des Absenkpfads Nährstoffe erreicht werden.