Die ernährungsphysiologische und technologische Qualität der Milch ist eng mit der Milchzusammensetzung verbunden. Gegenwärtig ist jedoch wenig über den Einfluss von Fütterung und Haltung der Kühe auf das Vorkommen von Stoffwechselprodukten (“Metaboliten”) in der Milch bekannt. Aus diesem Grund wurde die Gesamtheit der Stoffwechselprodukte (“Metabolom”) der Hofmilch von zwölf Milchviehbetrieben, klassifiziert in vier Fütterungssysteme, durch ungerichtete Metabolitenanalyse mittels Gas- und Flüssigchromatographie-Massenspektrometrie (GC-MS, LC-MS) untersucht. Die Daten wurden mit Progenesis QI (Version 2.3.6198.24128) und SIMCA (Version 13.0) mit Hilfe von multivariater Varianzanalyse ausgewertet. Für das präsentierte Datenset vom Juli 2014 wurden 59’960 lösliche und 1’338 mittelflüchtige Metaboliten gefunden. Die Human Metabolome Database, die Bovine Metabolome Database (HMDB, BMDB) und die Datenbank des National Institute of Standard and Technology (NIST) wurden zur vorläufigen Identifizierung der Metaboliten herangezogen. Unterschiede im Milchmetabolom der Betriebe wurden mit Hauptkomponentenanalyse (PCA, Abb. 2 und 3) und Orthogonaler Partial Least Squares Discriminant Analyse (OPLS-DA, Tabelle 1 und 2) ausgewertet.