Les cultures intermédiaires de crucifères présentent un fort potentiel de gestion des bioagresseurs (champignons, bactéries, nématodes, adventices, …) via la production de métabolites secondaires à effet biocide, les glucosinolates. Ces effets allélopathiques peuvent avoir lieu lors de la période de culture mais ils sont accentués lors de la destruction des couverts lorsqu’une grande quantité de glucosinolates est dégradée dans le sol (principe de biofumigation). Au-delà des services de régulation des bioagresseurs ces molécules peuvent engendrer des effets négatifs sur les champignons et bactéries antagonistes, ce qui correspond à des dis-services qu’il convient de prendre en compte en fonction des problématiques du système de culture considéré. Une forte variabilité d’efficacité des processus allélopathiques est parfois observée entre les études et s’explique par l’influence non négligeable de l’environnement et de la conduite de culture sur la production de glucosinolates et sur leur devenir dans le sol. De plus d’autres facteurs inhérents à l’utilisation de cultures intermédiaires sont impliqués dans la gestion des bioagresseurs comme notamment l’incorporation de matière organique et les effets hôte/non hôte des couverts. Les causes du contrôle des bioagresseurs (allélopathique ou non) restent à déterminer pour de nombreux patho-systèmes dans le but d’adapter en conséquence le choix des espèces de couverts et les pratiques culturales.