Die aerobe Kompostierung von Mist kann bei guter Prozessführung die Treibhausgasemissionen gegenüber der herkömmlichen Mistlagerung senken. Methanemissionen werden für belüftete oder regelmässige gewendete Kompostierungen reduziert, da anaerobe Zonen weitgehend vermieden werden. Für Lachgasemissionen lässt sich hingegen kein einheitlicher Trend feststellen, während Ammoniakemissionen bei intensiver Belüftung tendenziell zunehmen. Generell ist eine kurze Vorlagerungszeit zentral. Je nachdem, wie lange der Mist vor der Kompostierung gelagert wird, kann bereits ein substanzieller Teil der Emissionen angefallen sein und die Wirkung nimmt ab. Bei der Ausbringung auf den Boden ist die Datenlage gering, kompostierter Mist führt tendenziell zu geringeren Lachgas- und Ammoniakverlusten im Vergleich zu frischem Mist. Ob stabilisierte Kohlenstoffverbindungen im Kompost zur längerfristigen Anreicherung von Bodenkohlenstoff beitragen, ist bisher nicht erwiesen.