Dans le cadre d’un essai de longue durée consacré à la rotation céréalière, les facteurs variété et protection fongicide ont été ajoutés durant trois années (2006, 2008 et 2010) aux facteurs assolement et travail du sol déjà étudiés depuis 1967. Par ce complément, il s’agissait d’évaluer les influences du système de culture sur la présence des maladies du blé d’automne et de discuter des incidences sur le rendement. L’effet favorable de mesures préventives telles que la rotation des cultures et le labour a été relevé pour le piétin-verse, la septoriose sur feuilles et la fusariose sur épi. Ces mesures phytosanitaires préventives ont pu être contournées par des conditions environnementales favorables au développement ultérieur de la maladie. L’oïdium et la rouille brune n’ont guère été influencés par le système de culture et leur développement dépendait principalement des conditions environnementales. La concentration en mycotoxines produites par la fusariose reposait sur la présence d’un antécédent maïs plutôt que d’un blé d’automne en monoculture. L’importance du labour ou d’une variété tolérante comme Arina a pu être soulignée. La tolérance variétale constituait un facteur essentiel et stable pour le contrôle des maladies. L’efficacité de la protection fongicide dépend de ces mesures culturales préalables ainsi que des conditions environnementales du moment.