Agroscope ist als Ausführungs- und Erhebungsorgan für die folgenden Aufgaben zuständig: Organisation und Koordination der Datenerhebung, Ziehung Zufallsauswahl der Betriebe der Stichprobe Einkommenssituation, Konzeption und Weiterentwicklung der Erfassungstools, Support von Datenlieferanten, Sicherung der Datenqualität, Datenaufbereitung und -auswertung, Publikation, Auskunftstelle, Bereitstellung von Daten für die Forschung in Erfüllung ihrer politischen Aufträge und Aufgaben.
Das Erhebungssystem der Zentralen Auswertung von Buchhaltungsdaten besteht dabei aus zwei Stichproben:

• Die Stichprobe Einkommenssituation (SpE) basiert auf rund 2300 zufällig ausgewählten Betrieben, welche die Schweizer Landwirtschaft repräsentieren. Anhand der Finanzbuchhaltungen und der Steuererklärungen dieser Betriebe werden das landwirtschaftliche Einkommen, der Arbeitsverdienst (Einkommen einer Vollzeit-Familienarbeitskraft) und das ausserlandwirtschaftliche Einkommen geschätzt.
• Die Stichprobe Betriebsführung (SpB) besteht aus rund 1600 Betrieben, die über eine Buchhaltung mit Teilkostenrechnungen verfügen. Die Buchhaltungen werden von den Treuhandstellen gemäss vorgegebenem Auswahlplan geliefert.