Projektnummer: 22.08.13.10.02

Bioinformatikmethoden zur Nutzung funktionell relevanter Mikrobiomisolate

Die mikrobielle Biodiversität hat eine fundamentale Bedeutung für die Funktion von Ökosystemen. Mikrobiome, also die Gesamtheit der Mikroorganismen (Bakterien, Pilze, Archaeen, Viren), können z.B. Pflanzen- und Tiergesundheit unterstützen, natürliche Schädlingskontrolle verbessern, Nährstoffkreisläufe beschleunigen, oder die Veredelung landwirtschaftlicher Erzeugnisse durch Fermentation ermöglichen.

Zur umfassenden Beschreibung, zur Aufklärung von Wirkmechanismen und zur gezielten Nutzung von Mikrobiomen oder einzelner Mikroorganismen im Sinne einer integrierten Produktion sind Komptenzen der bioinformatischen Datenanalyse und -integration essentiell. Dies umfasst die Prozessierung, Analyse und Integration von Metagenom-, Genom-, Expressions- und weiteren Functional Genomicsdaten, die in diesem Projekt erarbeitet werden.

Name, Vorname Standort
Ahrens Christian Reckenholz
Segessemann Tina Reckenholz
Widmer Franco Reckenholz

Bellés-Sancho P., Liu Y., Heiniger B., von Salis E., Eberl L., Ahrens C., Zamboni N., Bailly A., Pessi G.
A novel function of the key nitrogen-fixation activator NifA in beta-rhizobia: Repression of bacterial auxin synthesis during symbiosis.
Frontiers in Plant Science, online, (28 September), 2022, 1-20.

Riesbeck S., Petruschke H., Rolle-Kampczyk U., Schori C., Ahrens C. H., Eberlein C., Heipieper H. J., von Bergen M., Jehmlich N.
Adaptation and Resistance: How Bacteroides thetaiotaomicron Copes with the Bisphenol A Substitute Bisphenol F.
Microorganisms, 10, (8), 2022, 1-16.

Wülser J., Ernst C., Vetsch D., Emmenegger B., Michel A., Lutz S., Ahrens C., Vorholt J., Ledermann R., Fischer H.-M.
Salt- and osmo-responsive sensor histidine kinases activate the Bradyrhizobium diazoefficiens general stress response to initiate functional symbiosis.
Molecular Plant-Microbe Interactions, 35, (7), 2022, 604-615.

Valentin J.D.P., Straub H., Pietsch F., Lemare M., Ahrens C., Schreiber F., Webb J.S., van der Mei H.C., Ren Q.
Role of the flagellar hook in the structural development and antibiotic tolerance of Pseudomonas aeruginosa biofilms.
ISME Journal, 16, (4), 2022, 1176-1186.

Ahrens C., Wade J.T., Champion M.M., Langer J.D.
A practical guide to small protein discovery and characterization using mass spectrometry.
Journal of Bacteriology, 204, (1), 2022, e0035321.

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