Seit 2004 werden in drei Kantonen im Rahmen der Kantonalen Bodenbeobachtung die bodenbiologischen Parameter Basalatmung und mikrobielle Biomasse (Methode Chloroform-Fumigation-Extraktion und substratinduzierte Respiration) erhoben. Insgesamt wurden 69 Acker-, Grünland- und Naturschutz- Standorte innerhalb von elf Jahren mindestens dreimal beprobt. Bodennutzung, Beprobungstiefe und -intervall beeinflussten die Resultate. Langjährige Grünlandstandorte und Ackerflächen mit geregelter Fruchtfolge zeigten keine grossen zeitlichen Änderungen, bei den frisch abhumusierten Naturschutzflächen hingegen nahmen Atmung und Biomasse über die gesamte Untersuchungszeit stetig zu. Folglich können mit diesen Parametern neben dem standorttypischen Grundzustand allfällige, für die Entwicklung von Bodeneigenschaften relevante Veränderungen erfasst werden. Für statistisch gesicherte Aussagen sollten mindestens fünf Messpunkte über einen längeren Zeitraum erfasst werden, zudem scheinen für die Dauerbeobachtung Beprobungstiefen < 10 cm wegen der grossen Streuung ungeeignet. Bei der empfohlenen Probenahmestrategie kann mit lediglich einer Mischprobe gearbeitet werden. Labor-Referenzproben sind zwingend mitzumessen, um die Stabilität der Messung über einen langen Zeitraum zu gewähren.