Das Problem der schwarzen Flecken auf den Früchten der Birnensorte Kaiser Alexander verursacht vor allem 1995 grosse Verluste. Diese Flecken sind nicht auf Pilze oder Bakterien zurückzuführen. Als Ursache wurde ein Kaiser Alexander-Typ mit hellerer Fruchthaut in Kombination mit den Bodenverhältnissen (schwere, nasse, humusarme Böden) identifiziert. Ab 2002 wurde dieser Typ nicht mehr vermehrt. Die Anzucht von 120 Bäumen aus dem Nuklearstöcken von Agroscope und Stuttgart in zwei Praxisbetrieben auf Parzellen, die das Problem "schwarze Flecken" hatten, ergab, dass Früchte dieser Neupflanzung eine dunklere, sortentypisch berostete Fruchtschale ohne schwarze Flecken aufweisen. Mit der Verwendung von zertifiziertem Vermehrungsmaterial aus P2-Edelreiserschnittgärten, basierend auf dem Nuklearstock, ist diese Form der schwarzen Flecken kein Problem mehr.