Das empfindliche Gleichgewicht zwischen pro- und anti-inflammatorischen Mechanismen, das für die Immunhomöostase des Darms wesentlich ist, wird durch die Zusammensetzung der mikrobiellen Gemeinschaft beeinflusst. Bakterielle Metaboliten stellen die Kommunikation zwischen den Darm-Mikrobiota und dem Immunsystem sicher und beeinflussen das Gleichgewicht zwischen pro- und anti-inflammatorischen Mechanismen. Wissenschaftliche Studien deuten darauf hin, dass die Erhöhung der Gehalte an kurzkettigen Fettsäuren ein vielversprechender Weg ist, um präventiv über die Ernährung die Immunhomöostase des Darms resilienter zu machen und das Risiko von Überreaktionen des Immunsystems zu reduzieren: Sind zu wenige kurzkettige Fettsäuren im Darm vorhanden, so kann die Anzahl regulatorischer T-Lymphozyten ebenfalls zu gering sein. Im Normalfall verhindern diese Zellen im gesunden Körper die Entstehung von Autoimmunkrankheiten, also Krankheiten, in denen das Immunsystem zu stark oder falsch reagiert und den eigenen Körper bekämpft. Dabei entstehen im Körper Entzündungsreaktionen, die das Gewebe schädigen. Eine ausreichende Versorgung mit kurzkettigen Fettsäuren sorgt für eine „Entzündungsbremse“ und hilft dem Körper, sich selbst zu helfen bzw. nicht zu schaden. Kurzkettige Fettsäuren entstehen natürlicherweise bei der Vergärung von Ballaststoffen im Dickdarm. Die moderne westliche Ernährung besteht jedoch häufig aus ballaststoffarmen Lebensmitteln. Dies kann dazu führen, dass nicht genügend kurzkettige Fettsäuren produziert werden, sich die Mikrobiota und die Darmzellen verändern und das Immunsystem aus dem Gleichgewicht gerät. Deshalb werden für den therapeutischen Einsatz kurzkettige Fettsäuren vermehrt auch oral verabreicht. Als Alternative zu diesen synthetischen Präparaten bieten sich fermentierte Lebensmittel an, die natürlicherweise kurzkettige Fettsäuren enthalten. Vollfette Grosslochkäse wie Emmentaler Switzerland AOP sind das einzige Lebensmittel, das natürlicherweise bedeutende Mengen an allen drei relevanten kurzkettigen Fettsäuren wie Essig-, Propion- und Buttersäure enthält. Da ein Grossteil der Forschung an Tiermodellen durchgeführt wurde, ist bei der Übertragung der Erkenntnisse auf den Menschen noch Vorsicht geboten.